Do współpracy w projekcie E-nauczyciel przyrody zaproszeni zostali nauczyciele szkół podstawowych i gimnazjów, nauczający przedmiotów: przyroda, chemia, biologia oraz fizyka. Przed rozpoczęciem pracy, każdy z nauczycieli został przeszkolony w zakresie metody modelowania dialogów w klasie Questioning the Author (QtA). Wyposażony został również w umiejętność posługiwania się platformą.
Do głównych zadań nauczyciela podczas prowadzenia zajęć należało odpowiednie modelowanie dialogów w oparciu o animacje Flash.
 
Co oznacza modelowanie dialogów?
Jest to wysyłanie do uczniów specjalnie sformułowanych zapytań, które wymagają odpowiedzi w formie rozbudowanej, opisowej i narratorskiej. W metodzie QtA nauczyciel stara się nie pytać uczniów wprost o szybką i krótką odpowiedź na zapytanie. Nauczyciel nie oczekuje konkretnej odpowiedzi, chce jedynie usłyszeć jak przebiega u ucznia proces myślowy i dochodzenie do jego własnych wniosków. 
Do celów zajęć stworzono scenariusze z przedmiotów: przyroda, chemia, biologia oraz fizyka. Każdy ze scenariuszy zawiera trzy podstawowe części: CASUM, TUTORIAL i PODSUMOWANIE.
 
CASUM – skrót nazwy pochodzący z języka angielskiego Conversation About Science Using Media (rozmowa/konwersacja o nauce z użyciem mediów), jest to etap jednostki lekcyjnej, w którym odbywało się budowanie wiedzy ucznia poprzez umiejętne zachęcanie go do samodzielnego odkrywania i opisywania zjawisk naukowych i przyrodniczych. Na tym etapie nauczyciel wyświetlał animacje i modelował rozmowę na ich podstawie. Scenariusze zawierały przykładowe zapytania, którymi nauczyciel mógł się posłużyć, aby rozpocząć rozmowę. W tym miejscu umieszczone były też przykładowe odpowiedzi uczniów i propozycje kontynuacji dialogu przez nauczyciela. 
 
TUTORIAL – (z ang. tutorial – samouczek) część zajęć polegająca na samodzielnej pracy uczniów z komputerem i wirtualną nauczycielką Moniką. Monika przeprowadzała ucznia przez zagadnienie omawiane podczas zajęć, jednocześnie tłumacząc i podsumowując zdobyte wiadomości. W TUTORIALU uczeń miał szansę również sprawdzić swoją wiedzę rozwiązując kilka zadań. W tym etapie scenariusza nauczyciel prowadzący zajęcia nie uczestniczył aktywnie.
 
PODSUMOWANIE – część zajęć, w której uczniowie mieli szansę poszukać innych przykładów omawianego zjawiska, niż tych poruszanych podczas lekcji. Uczniowie mogli poszukiwać informacji w miniSieciWWW, czyli zbiorze krótkich artykułów naukowych stworzonych na potrzeby projektu. Etap podsumowania był również czasem, kiedy nauczyciel mógł zachęcić do przeprowadzenia prostych doświadczeń praktycznych tzw. hands-on (z ang. hands-on – praktyczny), udowadniających zachodzenie badanych zjawisk, jeśli nie wykorzystał ich w etapie CASUM.
 
Podczas całego czasu trwania projektu, nauczyciele byli wspierani przez ekspertów i doradców w zakresie prowadzenia zajęć metodą QtA. Mogli konsultować przebieg lekcji, budowanie dialogów, oraz treści jednostek lekcyjnych w dogodnej dla siebie formie.